VMD

VMD
VMD 1.8.3 软件截图.
原作者威廉·汉弗莱，安德鲁·达尔克，克劳斯·舒尔顿，约翰·斯通
開發者UIUC
首次发布1995年7月4日，​28年前​（1995-07-04）
操作系统OS X, Unix, Windows
语言English
类型分子建模
许可协议需注册(Distribution-specific)[1]
网站www.ks.uiuc.edu/Research/vmd

VMD(英語：Visual molecular dynamics, 可视化分子动力学)是一套分子建模与可视化软件[2]，主要用来分析分子动力学模拟的实验数据。同时，软件也包含处理长度与提及相关数据的模块，能可视化与分析轨迹，添加任意图形，并能导出成其他软件能利用的格式例如POV-Ray，PRMan，VRML等。用户能运行Tcl和Python脚本进行批量操作，也可通过Tcl/Tk与其他程序进行交互。VMD能在Unix，MacOS，Microsoft Windows等操作系统下运行[3]。对于非商业用途，VMD通过特定分发协议发布，用户注册后可免费使用和修改源码[4]。


外部链接

维基共享资源上的相关多媒体资源：VMD

参考资料

  1. ^ VMD license. [2017-01-03]. （原始内容存档于2022-01-21）. 
  2. ^ Humphrey, William; Dalke, Andrew; Schulten, Klaus. VMD: Visual molecular dynamics. Journal of Molecular Graphics. February 1996, 14 (1): 33–38. PMID 8744570. doi:10.1016/0263-7855(96)00018-5. 
  3. ^ VMD User's Guide Version 1.9.1 (PDF). Massachusetts Institute of Technology. NIH Resource for Macromolecular Modeling and Bioinformatics. [January 29, 2012]. （原始内容 (PDF)存档于2016-06-09）. 
  4. ^ VMD License. Theoretical and Computational Biophysics Group. NIH Center for Macromolecular Modeling & Bioinformatics, University of Illinois at Urbana–Champaign. [4 January 2016]. （原始内容存档于2022-01-21）. 
  • 查
  • 论
  • 编
化学信息学
自由软件
  • Avalon化学信息学工具包
  • Bioclipse（英语：Bioclipse）
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  • Chemistry Development Kit（英语：Chemistry Development Kit）
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分子对接（英语：Docking (molecular)）
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专有软件
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分子动力学
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  • PLUMED（英语：PLUMED）
专有软件
  • Abalone（英语：Abalone (molecular mechanics)）
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  • CHARMM
  • CPMD（英语：Car–Parrinello molecular dynamics）
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量子化学
自由软件
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  • BigDFT（英语：BigDFT）
  • COLUMBUS（英语：COLUMBUS）
  • CONQUEST（英语：CONQUEST）
  • CP2K（英语：CP2K）
  • Dalton（英语：Dalton (program)）
  • DIRAC（英语：Dirac (software)）
  • DP code（英语：DP code）
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  • MOPAC（英语：MOPAC）
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  • RMG（英语：RMG (program)）
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  • YAMBO code（英语：YAMBO code）
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  • Scigress（英语：Scigress）
  • Spartan（英语：Spartan (chemistry software)）
  • TeraChem（英语：TeraChem）
  • TURBOMOLE（英语：TURBOMOLE）
  • VASP
  • WIEN2k（英语：WIEN2k）
  • XMVB（英语：Valence bond programs）
键线式绘图
自由软件
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  • XDrawChem（英语：XDrawChem）
专有软件
  • ACD/ChemSketch（英语：ACD/ChemSketch）
  • BIOVIA Draw（英语：ISIS/Draw）
  • ChemDoodle
  • ChemDraw（英语：ChemDraw）
  • ChemWindow（英语：ChemWindow）
  • JME分子编辑器（英语：JME Molecule Editor）
  • MarvinSketch
其它
  • Aqion（英语：Aqion）
  • Eulim（英语：Eulim）
  • EXC code（英语：EXC code）
  • GenX
  • GSim
  • Mercury（英语：Mercury (crystallography)）
  • CrystalExplorer（英语：CrystalExplorer）
  • ICM（英语：Internal Coordinate Mechanics）（ICM浏览器）
  • Materials Studio
  • Molden（英语：Molden）
  • OpenChrom（英语：OpenChrom）
  • SASHIMI