SRSF6

Ідентифікатори

Символи

SRSF6, B52, HEL-S-91, SFRS6, SRP55, serine/arginine-rich splicing factor 6, serine and arginine rich splicing factor 6

Зовнішні ІД

OMIM: 601944 MGI: 1915246 HomoloGene: 110783 GeneCards: SRSF6

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding • nucleic acid binding • pre-mRNA binding
Клітинна компонента	• nuclear speck • клітинне ядро • нуклеоплазма
Біологічний процес	• mRNA splicing, via spliceosome • termination of RNA polymerase II transcription • negative regulation of keratinocyte differentiation • positive regulation of epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis • mRNA processing • negative regulation of cell death • regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome • mRNA export from nucleus • negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome • regulation of wound healing • mRNA splice site selection • regulation of keratinocyte proliferation • Альтернативний сплайсинг • mRNA 3'-end processing • negative regulation of gene expression • Сплайсинг РНК • response to insulin • RNA export from nucleus • negative regulation of type B pancreatic cell apoptotic process • mRNA cis splicing, via spliceosome
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


6431


67996

Ensembl


ENSG00000124193


ENSMUSG00000016921

UniProt


Q13247


Q3TWW8

RefSeq (мРНК)


NM_006275


NM_026499

RefSeq (білок)


NP_006266


NP_080775

Локус (UCSC)

Хр. 20: 43.46 – 43.47 Mb

Хр. 2: 162.77 – 162.78 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

SRSF6 (англ. Serine and arginine rich splicing factor 6) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 20-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 344 амінокислот, а молекулярна маса — 39 587^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MPRVYIGRLS	YNVREKDIQR	FFSGYGRLLE	VDLKNGYGFV	EFEDSRDADD
AVYELNGKEL	CGERVIVEHA	RGPRRDRDGY	SYGSRSGGGG	YSSRRTSGRD
KYGPPVRTEY	RLIVENLSSR	CSWQDLKDFM	RQAGEVTYAD	AHKERTNEGV
IEFRSYSDMK	RALDKLDGTE	INGRNIRLIE	DKPRTSHRRS	YSGSRSRSRS
RRRSRSRSRR	SSRSRSRSIS	KSRSRSRSRS	KGRSRSRSKG	RKSRSKSKSK
PKSDRGSHSH	SRSRSKDEYE	KSRSRSRSRS	PKENGKGDIK	SKSRSRSQSR
SNSPLPVPPS	KARSVSPPPK	RATSRSRSRS	RSKSRSRSRS	SSRD

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до репресорів. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Zahler A.M., Lane W.S., Stolk J.A., Roth M.B. (1992). SR proteins: a conserved family of pre-mRNA splicing factors. Genes Dev. 6: 837—847. PMID 1577277 DOI:10.1101/gad.6.5.837
Barnard D.C., Patton J.G. (2000). Identification and characterization of a novel serine-arginine-rich splicing regulatory protein. Mol. Cell. Biol. 20: 3049—3057. PMID 10757789 DOI:10.1128/MCB.20.9.3049-3057.2000
Tran Q., Roesser J.R. (2003). SRp55 is a regulator of calcitonin/CGRP alternative RNA splicing. Biochemistry. 42: 951—957. PMID 12549914 DOI:10.1021/bi026753a
Jensen M.A., Wilkinson J.E., Krainer A.R. (2014). Splicing factor SRSF6 promotes hyperplasia of sensitized skin. Nat. Struct. Mol. Biol. 21: 189—197. PMID 24440982 DOI:10.1038/nsmb.2756

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:10788 (англ.) . Процитовано 21 серпня 2017.
↑ UniProt, Q13247 (англ.) . Архів оригіналу за 10 листопада 2017. Процитовано 21 серпня 2017.