Rhofactor
De rhofactor (ρ-factor) is een eiwit dat in prokaryoten de RNA-transcriptie kan beëindigen. Het reageert als een ATP-afhankelijke helicase, die langs een nieuw gevormde RNA-streng richting het 3'-eind beweegt en ten slotte ervoor zorgt dat het RNA van het DNA loslaat.[1]
Bij Escherichia coli is de rhofactor een ca. 275 kDa zwaar hexameer dat uit zes dezelfde subeenheden bestaat, waarvan elke subeenheid een RNA-bindend en een ATP-bindend eiwitmotief heeft. De subeenheden zijn rondom een holle ruimte gerangschikt, waar de RNA-streng doorheen gevoerd wordt. De rho-factor bindt aan de transcriptie-terminator-pauzeplaats. Deze plaats is een enkelstrengs RNA, dat 72 nucleotiden lang is en achter de open leesraam ligt. Het is een C-rijke/G-arme (cytosine-rijke/guanine-arme) sequentie zonder secundaire structuur.[2] Vanaf deze plaats gaat het enzym onder verbruik van ATP naar de transcriptieplaats, waar het RNA door de RNA-polymerase gevormd wordt. De rhofactor werkt op deze plaats als een helicase. Daardoor wordt de vorming van de RNA-streng beëindigd.[3][4]
De bindingsplaats (rho utilization site) zit boven het transcriptie-eind. Er zijn verschillende bindingsplaatsen gevonden.
Literatuur
- Banerjee S, Chalissery J, Bandey I, Sen R (February 2006). Rho-dependent transcription termination: more questions than answers. J. Microbiol. 44 (1): 11–22. PMID 16554712. PMC 1838574.
Zie ook
- Sigmafactor
Bronnen, noten en/of referenties
- ↑ Interpro: IPR011113 Rho termination factor, RNA-binding
- ↑ Slonczewski, Joan, and John Watkins. Foster. Microbiology: An Evolving Science. New York: W.W. Norton &, 2009. Print.
- ↑ Bogden CE, Fass D, Bergman N, Nichols MD, Berger JM (April 1999). The structural basis for terminator recognition by the Rho transcription termination factor. Mol. Cell 3 (4): 487–93. PMID 10230401.
- ↑ Richardson JP (July 2003). Loading Rho to terminate transcription. Cell 114 (2): 157–9. PMID 12887917.
